Learn VASP The Hard Way (Ex39):DOS计算(三)

2017-09-15


Ex39: DOS计算(三)

使用p4vasp获取DOS数据

 

本节我们通过一个实例,讲解一下DOS数据的处理。 

 



1 计算实例:

 

计算的体系是一个Ru的单胞,含有2Ru原子。结构优化完毕后:进行以下操作。

 

1.1 cp  CONTCAR  POSCAR 

1.2 INCAR的设置(一步计算):

IBRION = -1

NSW = 0

ISMEAR = -5

LORBIT = 11 

1.3 KPOINTS 采用: 21 21 21 gamma centeredRu为六方堆积结构!!!)

1.4 提交任务等待结束, 该计算的所有文件可以通过:

1QQ群文件下载,

2) 百度网盘下载:http://pan.baidu.com/s/1kVebDWz 

 



2 DOS可视化:

2.1 打开p4vasp

2.2 点击左侧open,导入vasprun.xml文件;

注意:前面的2步,linux系统下面直接输入命令 :

p4v & 或者 p4v vasprun.xml 即可。

2.3 查看DOSElectronic –> DOS+bands

 


效果如下如:

 




2.4 获取d轨道的DOS: 

 

这里我们取d band作为例子,大家根据自己的需要选择:

 

Electronic –> Local DOS+bands control 


 


 点击后如下图: 


 


注意:

1 这里我们填的是Ru,表示选择所有的Ru原子。具体到大家自己的计算中,换成自己感兴趣的原子即可,怎么选择,我们前面已经讲到过了。(通过左侧的show按钮,以及鼠标和空格选择)

2 这里我们没有考虑自旋,如果你的体系有自旋,可以选择updown或者bothupdown的数据导出来的时候通过一个空行分割(后面会讲到)。

3)选择感兴趣的轨道:

如果计算中你设置的LORBIT=10,点击 dxy的时候,则其他的d轨道也会同时被选中,

如果你设置的LORBIT=11,点击dxy时,则仅仅选择dxy,其他的d轨道不会选中。如下图: 


 


如果看不明白:

aVASP官网查看 LORBIT = 10 11 的含义;

b)亲自动手操作一下就明白了。

 

选择完毕后,点击 Add New line,效果如下:

 


图中增加了一条红色的曲线,为Rud轨道的DOS图, 如果你选择了s,点击Add New line,就会增加另外一条曲线。不想要某个曲线了,可以点击remove line,大家自己随意操作,直至熟练为止!!

 



3 后处理:

3.1  导出数据:

 p4vasp导出数据通过中间的一个按钮: (注意,这里不通过左上角的File按钮!),如下图:点击 Graph –> Export 



弹出的窗口中,选择保存的目录和数据的文件名称 



注意:

1)choose 选择保存的目录;

2)我们选择的D盘下的VASP目录;

3)填上保存数据的文件名:

a)文件名处 .dat 记得写上,要不然后面可能会导不出数据!

b)为了保证导出数据,Export 多点几遍!!!

c)去导出的目录里面查看一下,如有了数据的文件名,说明保存成功,没有的话,继续点Export.





图中说明:导出数据成功。

 d)为了避免浪费时间,一定要保存成功后再关闭窗口,否则你还要重复一遍前面的步骤。 

4) 保存成功后,点击OK,关闭窗口。

 

3.2 查看数据:(Notepad++直接打开,无视.dat尾缀!)


 




问题1 为什么在301行后面有一个空行? (重点是301

 

1) 这是因为DOS计算的点VASP默认是301个,该数目由NEDOS这个参数来确定。NEDOS决定了DOS曲线中间隔的点数,如果你想要自己的DOS曲线更加平滑,可以设置一个较大的NEDOS数值,比如:NEDOS=9999

2) 如果你设置了NEDOS = 500 那么会在500行以后出现一个空行。

 



问题2:为什么会有一个空行???(一定要搞明白!!!)

 

我们看一下前面DOS的图:


 



图中有2DOS曲线,黑色的为空行前面的部分,红色为后面的部分。

 

同样,如果DOS图中有N个曲线,则导出的数据中会有N-1个空行将它们分开。

N个曲线的横坐标坐标(也就是能量)是完全一样的。知道了这一点,你就知道了自己想要的数据在哪里了!!!

 

此外,如果有磁性的话,你要注意了,up和down也是通过空行分开的。

 



3.3 作图:

 

有了数据之后,就可以随心所欲地作图了。将数据导入excel或者origin作图,也可以使用其他小脚本,程序。这里我们使用Excel简单说下: 

 


左侧为空行前面的数据,Ru总的DOS DOS曲线1 (黑色的那个)

右侧为空行后面的数据,Ru d轨道的DOS DOS曲线2(红色的那个)

 

作图如下: p4vasp的结果一样



大师兄赶着去睡觉了,图像就不美化了。如果童鞋们做出来漂亮的图,恳请发给大师兄以供后面更新用。关键是有了数据,并且知道数据里面空行前后代表的内容。

 



4 扩展练习:

 

4.1 下载本节的练习,可以在自己的服务器上提交,也可以直接使用结果;

4.2 通过p4vasp读取vasprun.xml文件,熟练进行本节的所有操作;

4.3 不要偷懒!!!

 



5 总结:

 

本节主要手把手交给大家如何用p4vasp这个软件查看DOS计算的结果。希望大家掌握这几点:1 会熟练使用改软件进行本节的操作;2 了解导出数据的格式(空行是怎么分割不同曲线的);3 知道LORBIT = 10 和 11 的区别,以及在可视化操作中的不同;4 最关键的:要会分析DOS!!!

 


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