常用数据库和链接(持续更新)

2018-03-07

常用的数据库总结(持续更新)


汇集本人日常学习中的一些数据库,个人感觉不错的网站。也会不断地更新完善。如果感觉不错,欢迎大家扫底部二维码打赏。如果你有好的数据库,链接,推荐的书籍,也欢迎底部留言帮助我们更新。




(一)结构查找


1 The Materials Project(免费): https://www.materialsproject.org/

使用方法:

1) 点击右上方:Login  

2) 点击: Sign in with your email address 

3) 输入自己的邮箱,然后点击:send login link

4) 打开邮箱,点击链接,即可查询数据库。


2 ioChem-BD http://www.iochem-bd.org/ 

本人老板和其他几个老板一起做的数据库,涵盖VASP,高斯等主流程序,可以上传结果。数据库依托于巴塞罗那超算中心。

本人博士,博后的所有工作都在这个数据库中。


http://www.chemspider.com/ 

RSC旗下的一个数据库,非常方便查找下载结构。


http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html  ICSD 数据库, 需要账号密码,本人不提供。


5 团簇数据库:http://www-wales.ch.cam.ac.uk/~wales/CCD/CoCCD/cobalt.html  可能有些老了


6 CCCBDB数据库:  https://cccbdb.nist.gov/exp1.asp 


7 ICDD   http://www.icdd.com/


8 https://www.materialscloud.org/  听过这个数据的负责人尼古拉斯做报告,很有个人魅力和幽默的一个人!


9 Cluster Generator:  https://cn.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/33449-cluster-generator?focused=5201158&tab=function&s_tid=gn_loc_drop  


10 http://materials.springer.com 

11 http://www.aflowlib.org/  



(二)热力学数据


https://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html  NIST 数据库


http://hbcponline.com/faces/contents/ContentsSearch.xhtml  Handbook of physical chemistry ,查找热力学参数,晶格常数,entropy等等。


3 http://webbook.nist.gov/ 


4 http://kinetics.nist.gov/janaf/  原子热力学算自由能的时候用得着


5 Enthalpy and Gibbs Free Energy Calculator http://www.shodor.org/unchem/advanced/thermo/thermocalc.html 


6 http://chemistry-reference.com/rxnlist.asp?sort=rxn 


(三)书籍文献下载:


http://gen.lib.rus.ec/ 下载书籍

资源丰富,但不要贪多,更不要下一堆放到自己电脑里占地方。找几本好书,认真静下心来好好学习。


http://www.expaper.cn/ 科研速递论坛, 求助文献,书籍,成功率极高。


3 sci-hub 系列,现在网上各种域名,插件,桌面版的都有,我就不瞎凑热闹了。


4 5000人QQ群:  157099073  汇聚大家的力量,解决每一篇小文献的困难。


书籍和文献下载的原则,宁缺毋滥,认真阅读每一篇下载的文献,对自己的时间负责。别图多。




(四)VASP 相关


1  http://www.vasp.at/ VASP官网

VASP最权威,最专业的学习资料都在这里面了。英文刚开始看起来有点不适应,坚持下去,慢慢就好了。

不建议看除官网以外的那些乱七八糟的说明(包括我自己写的教程)


2  http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/ Henkelman 课题组

大量VASP相关的脚本,VTST计算过渡态,bader电荷分析,CHGCAR处理脚本等,向Henkelman致以崇高的敬意


3  https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/  Atomic Simulation Environment

极大提高你的工作效率


4  http://pymatgen.org/ Pymatgen 

看起来很牛逼的样子,但还没时间和精力去接触


http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/

A 3-day VASP Workshop at NERSC: VASP 开发者(长发大胡子那个骚哥们)做的workshop, youtube有视频。链接:

https://www.youtube.com/playlist?list=PL20S5EeApOSumWZkzsaYxAvozjvFZ3ks4 


6 能带Kpath选择的网站,上传自己的结构,便可以得到建议的K-path

https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath 

http://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.html

http://www.cryst.ehu.es/cgi-bin/cryst/programs/nph-table?from=kv 


https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/

VASP官方论坛,需要注册才可以提问,但一般来说你的问题已经有人提问过了,直接复制到google里面,基本都会显示该论坛的链接。可以不保存。


8 P4vasp: http://www.p4vasp.at

啥也不说了,个人感觉在linux下面,这就是搭建模型的统治工具。说它是第二,没有人敢说第一。(不喜勿喷!)


9 Xcrysden  http://www.xcrysden.org/   

用于批量做图,选择K-path做能带图


10 Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ 

用来查看振动频率。


11 Jmol http://jmol.sourceforge.net/ 

查看振动频率,查看结构,目前对VASP的支持感觉不是很好。


12 VESTA 官网 http://jp-minerals.org/vesta/en/

本人发表的文章,结构图基本都是用这个软件做的。查看结构,电荷密度作图等等。


13  http://openbabel.org/wiki/Main_Page    百宝! 结构格式转换! To convert the structures formats:


14 Energy Unit Conversion Table   能量单位转换表

 http://wild.life.nctu.edu.tw/class/common/energy-unit-conv-table.html 

 https://sites.google.com/site/liuxiaogang0206xg/blog/energyunitconversiontable 

15 Direct and Reciprocal Lattice Visualizer 

 http://calistry.org/viz/direct-and-reciprocal-lattice-visualizer

16 http://vaspkit.sourceforge.net/  VASPKIt Fortran 写的VASP后处理软件,集合了很多功能!赞一个




(五)求职相关


http://psi-k.net/ Psik Network 

注册后,一旦有人在网络里面发送海外职位信息,你便会收到邮件提醒。


2 linkedin 领英: https://www.linkedin.com/ 

本人当年的博士位置,就是在这里面发现的。 


3 research gate https://www.researchgate.net/

可以用来下文献,关注同行最新进展。




(六) 程序软件相关:


http://tldp.org/HOWTO/Bash-Prog-Intro-HOWTO.html

本人的bash 从这里开始学习的


https://learnpythonthehardway.org/

本人的python从这里学习的


https://www.liaoxuefeng.com

廖雪峰的网站,英文不想读的话,可以到这里学习。


https://matplotlib.org/  Matplot 用于python作图


https://www.scipy.org/ python 运算 


https://stackoverflow.com/  一般谷歌搜索遇到出现的程序问题,都可以在这里找到答案。




(七)理论计算,推荐书籍:


1 Density Functional Theory: A Practical Introduction http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9780470447710 

1)有权限的直接下载

2)没有权限的不要在网上瞎求,很多公式都不全,看Learn VASP The hard way (Ex18)里面有下载链接:http://www.bigbrosci.com/LVASPTHW


2 Atkin's Physical Chemisty (10th)

网上到处都是,最新的是第10版,如果下载不了,看第9版即可。


3 Concepts of Modern Catalysis and Kinetics 多相催化的强烈建议!

http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/3527602658 


4 https://cbc-wb01x.chemistry.ohio-state.edu/~woodward/ch754/lect2003/


以上书籍,如不提供下载链接,基本都可以在 http://gen.lib.rus.ec/  这个网站获得。



(最后)其他: 


1 颜色数据库:

https://www.rapidtables.com/web/color/RGB_Color.html 


2 元素周期表:

http://www.rsc.org/periodic-table

https://www.ptable.com/

http://www.periodictable.com/

http://periodictable.com/


3 Latex相关:

本人的文章,除合作的外, 基本都是用latex写的,但是推荐网址的话,确实想不起有什么来。

找一个latex入门pdf,练上几天,遇到问题google搜索,慢慢就好了。

如果非要推荐一个网址的话,那么就选这个: https://tex.stackexchange.com/  和 www.google.com


4 Math:

https://www.integral-calculator.com/


5Molecular Orbital Theory  http://chemed.chem.purdue.edu/genchem/topicreview/bp/ch8/mo.php


Electronegativities-of-the-Elements (Pauling scale)

https://www.reade.com/reade-resources/reference-educational/reade-reference-chart-chemical-elements-data/10-electronegativities-of-the-elements


7 Common Organic Solvents: Table of Properties: https://www.organicdivision.org/orig/organic_solvents.html




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