Learn VASP The Hard Way (Ex-XX)使用超算中心的准备工作(一)

2018-03-13


Ex-XX 超算中心使用前的准备工作(一)


感谢吕梁超算中心的支持,以后VASP的学习系列练习,都将在天河二号上面进行展示操作。一方面帮助大家继续学习VASP知识,另一方面也帮助大家快速掌握使用超算中心计算的技巧,进而避免一些焦头烂额的琐事。今天我们先讲解一下怎么在Ubuntu系统上,1)安装VPN, 2)连接天河二号超算中心,3)以及将超算中心挂载到本地电脑上,进行文件互传。


如果你是Windows用户,管理员在发送账号的时候,已经将使用说明一起发给你了。相信大家都可以顺利链接。那么请跳过本节内容。

但是Linux系统在计算具有的独特优势是Windows所不能比的,建议Windows用户继续看下去,对以后使用Linux系统做计算会有帮助。下一节,我们介绍如何使用脚本运行VASP软件,由于本人还在摸索,需要和管理沟通学习,大家再耐心等待一天。


如果你想要试用或者申请超算中心的机时,请加QQ群:国防科大吕梁超算中心(204521798)了解更多的信息。




1 下载linux版的VPN软件,链接:

https://www.hillstonenet.com/our-products/next-gen-firewalls-e-series/

直接跳到网页最底部,右侧点击 Linux OS 下载。








2 安装Linux 版VPN


Hillstone 官网已经给出了详细的安装说明, 链接如下:

http://docs.hillstonenet.com/en/Content/7_VPN/SSL_VPN_Client_L.htm#Starting

大家可以参考链接,也可以根据下面的步骤进行。本人直接将官网的照片复制过来了。



找到刚才下载的vpn软件: 右击 --> 点击最底部的Properties






在弹出的窗口中,将Execute的那个框选中,然后点击左上角的叉号直接关闭。然后,双击这个软件一步一步点下去,这样就完成安装啦。非常简单。




3 连接VPN


1) 打开VPN:上一步完成后,桌面上会生成VPN的快捷方式图标,双击一下,会弹出让你输入电脑密码的对话框,输入密码,点击Authenticate按钮。



2) 点击下图中的New 对应的加号,会弹出对话框,让你输入IP,账号密码



注意:

1) Host的IP超算中心给了三个,大家根据自己的网进行选择,如果一个不行,换另一个试试即可。

2) Port 就是 4433

3) 图片中让输入的是VPN的账号和密码!!!一定要选中Remember Password. 因为管理员给的密码实在是太安全了!

4) 点击OK就开始连接了

5) vpn的官网的填写说明,大家把网页中的第三条展开就可以看到了


6) 连接过程以及成功是这个样子:







4 通过ssh连接超算中心服务器:


VPN登录成功后,后面我们就可以通过Terminal连接超算中心了。为了方便,提高效率,强烈建议大家按照下面的步骤进行:


1) 安装sshfs 用于把超算中心挂载到你的本地电脑上,后面再细说,先安装好。


sudo apt-get install sshfs 一键搞定。



2) 在home目录下建一个文件夹,名字为: lvliang

3) 将图片中的内容加入到 .bashrc 文件中。



4) 保存后,更新下 .bashrc 文件,然后直接敲命令: lvliang 即可连接超算中心。

第一次连接,可能会出来一堆提示东西,输入Yes ,回车即可。

输入自己的超算中心账号密码,就可以登录啦。



上图中,通过ls命令,你会看到超算中心有几个文件夹。那是我登录后新建的,新用户刚开始的时候主目录下面什么都没有。强烈建议大家建一个 bin 文件夹,用来存放脚本。直接 mkdir bin 即可。




5 上传或者下载数据(sshfs的使用)


1) 挂载超算中心到自己的本地电脑。

打开一个新的终端,输入前面我们写进.bashrc文件中的命令: mlvliang

m是mount的缩写。如下图,输入超算中心的密码:



进入我们之前在自己电脑目录新建的 lvliang 文件夹。这样,超算中心账户里面的内容就可以直接通过我们的电脑访问了。




2) 例子1 :

超算中心登录后,我们新建了一堆文件



在挂载的目录里面,也同步出现了。





3) 例子2 :


我们将电脑桌面的内容复制到lvliang文件夹中,超算中心的目录下也同步出现了。





4) 注意事项:

1) 必须通过mlvliang这个命令将超算中心挂载到本地电脑上之后,我们才可以互传文件。

2) 如果还没有挂载,就将电脑的内容复制到lvliang这个文件夹中,那么挂载之后,服务器中不会显示刚刚复制的内容

3) 不要用鼠标点击电脑里面的文件夹查看文件,这样会很慢,只能使用命令!!!切记

4) 卸载的时候,使用mlvliang 这个命令,然后输入自己的电脑密码(不是超算中心的了。)

5) 我们这样做,相当于把超算中心当做一个移动硬盘来使用,非常方便。




本节就先介绍到这里,大家可以通过这样的方式,安装VPN,连接以及挂载超算中心,并将自己的文件上传到超算中心(比如VASP的那一堆POTCAR文件,自己的脚本,任务文件等等)。先把准备工作做好,下一节我们就可以提交任务进行计算了。

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