Learn VASP The Hard Way (Ex-XX)使用超算中心的准备工作(二)

2018-03-14


Ex-XX 使用超算中心的准备工作(二)

天河二号(吕梁超算)提交VASP作业的脚本和命令




上一节我们讲了怎么连接天河2号超算中心。这一节,我们主要讲一下VASP提交任务的脚本和命令。在天河2号提交任务非常简单,大家只要记住:一个脚本和一个命令就可以了。首先我们看一下提交任务的实例:




上图中:

1) vasp544_sub 是提交任务的脚本

2) 下面框中是内容,一共有三行

3) 提交任务的命令:yhbatch -p lvlianghpc -N 1 -J slab vasp544_sub

-p lvlianghpc 是指定提交任务的队列

-N 1 是提交任务的节点数(每个节点24核)

-J slab  是提交任务的名字

4)如果你想用2个节点,提交一个名为 bigbro的任务,可以使用下面的命令:

yhbatch -p lvlianghpc -N 2 -J bigbro vasp544_sub




提交任务脚本的内容


前面我们用的是5.4.4版本的vasp提交的作业,如果我们要算过渡态,需要用到5.3.5的版本。我们需要这样修改一下脚本。将第五行注释掉,然后加入第六行的内容(最后一行)。前面几行我们不要动,直接放那里不管就可以了。



对比下最后的两行,其实修改的仅仅是vasp的可执行文件的目录。那么我们怎么样确定自己所需要vasp版本的目录呢?


1)在天河2号,所有的软件都装在 /THFS/opt 这个目录下。Vasp也不例外,如果你进入这个目录,就会发现它。





2) 进入5.3.5_neb的vasp目录,vasp的可执行文件有点不好找,因为它藏在一堆文件里面。不过根据字母排序,找到vasp也不是很难。




如果你找到了这样绿色的vasp文件,说明他是可执行的。我们以后就用它来计算自己的体系。


通过 pwd  这个命令获取路径,将版本中的5.4.4的路径替换成我们所需要的。



路径最后记得加上可执行VASP文件的名字。 即 XXX/vasp.5.3/vasp

上图中注释掉哪行中,5.4.4版本的可执行文件名字为: vasp_std




挂载超算中心到本地电脑上的时候,有时候因为网络连接,会出现下图中的错误。这时候我们先使用ulvliang 把服务器umout掉,然后再重新挂载就可以了。




上图中,将超算中心的几个脚本复制到本地电脑上。其中qsub 是本人改进之后的一个脚本,将这个脚本放到 ~/bin 目录下,在终端进入自己的任务目录,直接敲 qsub 就可以提交任务了。



#!/usr/bin/env bash

rm job_sub

echo '#!/bin/bash' >> job_sub

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/THFS/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH' >> job_sub

echo 'yhrun -p lvlianghpc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.4.4/vasp.5.4.4/bin/vasp_std ' >> job_sub

#echo 'yhrun -p lvlianghpc -n 24 /THFS/opt/vasp/5.3.5_neb/vasp.5.3/vasp' >> sub

yhbatch -p lvlianghpc -N 1 -J test job_sub


以上三个脚本的下载链接:https://pan.baidu.com/s/1AY6YUC97uTXsNpRLgA6hFQ   密码:bfo5


到此为止,连接VPN,天河2号,挂载服务器到本地电脑,互传文件,以及使用脚本提交vasp任务。你已经都掌握了。后面的就是好好利用超算中心,

得到自己所期望的数据,好好搞科研了。如果想试用超算中心,加下方的QQ群,或者直接联系超算中心即可。





超算中心试用联系方式:lvlianghpc01@163.com

联系电话(微信):15383480556 18903588277

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