ExA16 通过ASE简单扩胞的小脚本

发表于 更新于 分类于 阅读次数： Disqus：

我们计算的时候，经常会遇到扩胞的需求。比如，我们要优化（4x4）的Ag(111)的一个slab。直接切一个slab拿来优化，可能会比较耗时。另一个办法就是我们先优化一个（1x1)的Ag(111)的slab，然后在将优化完的结构扩成（4x4)的，最后再优化。这样能有效地减少工作量。

扩胞的话，有很多工具可以选择，MS, P4vasp,等等可视化的软件，用鼠标点点就OK了。也可以使用一些现成的脚本，小程序。本节就介绍一个通过ASE进行扩胞的小脚本，也是本人偶然在一个网站发现的。有兴趣的可以自己看下： https://www.nsc.liu.se/~pla/blog/2013/02/26/vaspsupercells/

废话不多说，直接上例子，例子完了是脚本的具体内容。

如果你有自己的脚本或者推荐的程序，也欢迎发送到本人邮箱：lqcata@gmail.com。后面我们会逐渐扩展本节的内容。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
qli@bigbro:~/Desktop/test_expand$ ls
CONTCAR  expand.py
qli@bigbro:~/Desktop/test_expand$ cat CONTCAR  
Ag                                      
   1.00000000000000     
     3.0472766735234269    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     1.5236383367617135    2.6390190116310261    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   22.4642729552180782
   Ag
     4
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.3333333333333357  0.3333333333333357  0.1107576902236147   F   F   F
  0.6666666666666643  0.6666666666666643  0.2214586458624846   T   T   T
 -0.0000000000000000 -0.0000000000000000  0.3323996157642722   T   T   T
 
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
qli@bigbro:~/Desktop/test_expand$ python expand.py  CONTCAR  2 2 1 
qli@bigbro:~/Desktop/test_expand$ ls
CONTCAR  expand.py  POSCAR_ex
qli@bigbro:~/Desktop/test_expand$ cat POSCAR_ex 
Supercell
 1.0000000000000000
     6.0945533470468538    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     3.0472766735234269    5.2780380232620523    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000   22.4642729552180782
  16
Selective dynamics
Direct
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.1666666666666679  0.1666666666666679  0.1107576902236147   F   F   F
  0.3333333333333321  0.3333333333333321  0.2214586458624846   T   T   T
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.3323996157642722   T   T   T
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.1666666666666679  0.6666666666666679  0.1107576902236147   F   F   F
  0.3333333333333321  0.8333333333333323  0.2214586458624846   T   T   T
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.3323996157642722   T   T   T
  0.4999999999999999  0.0000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.6666666666666679  0.1666666666666679  0.1107576902236147   F   F   F
  0.8333333333333320  0.3333333333333321  0.2214586458624846   T   T   T
  0.4999999999999999  0.0000000000000000  0.3323996157642722   T   T   T
  0.4999999999999999  0.5000000000000000  0.0000000000000000   F   F   F
  0.6666666666666677  0.6666666666666679  0.1107576902236147   F   F   F
  0.8333333333333320  0.8333333333333323  0.2214586458624846   T   T   T
  0.4999999999999999  0.5000000000000000  0.3323996157642722   T   T   T

脚本内容如下：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
#!/usr/bin/env python3
## https://www.nsc.liu.se/~pla/blog/2013/02/26/vaspsupercells/
import  ase.io.vasp
import sys

cell_file = sys.argv[1]
x,y,z = [int(i) for i in sys.argv[2:5]]
cell = ase.io.vasp.read_vasp(cell_file)
ase.io.vasp.write_vasp("POSCAR_ex",cell*(x,y,z), label='Supercell',direct=True,sort=True)

使用前提是你已经安装好了ASE。

再次啰嗦一下，欢迎大家分享自己扩胞的小脚本，推荐的小程序，一起完善本节的内容。请发送到本人邮箱：lqcata@gmail.com。