Ex02_V3 服务器和程序语言

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服务器相关

VASP的计算就跟开车一样，设计到很多的内容，比如大街上的路怎么铺的？桥怎么建的？发动机怎么工作的？方向盘怎么工作的，刹车片什么材料做的？车身颜色怎么喷的？ 没有人会懂所有相关的知识。但是怎么打开车门，坐车里，启动发动机，踩油门，打方向盘，这是本教程所关心的，也就是类似驾校教练指导你学会如何开车，而不是关系如何去造车，去铺路。这里的车就是VASP。要开车，必须手头上有车，没车我瞎BB再多也是白搭。

1) 知道怎么连接自己组内或者租赁的服务器

后面大师兄会介绍一些挂载服务器的方法，但这些基本的连接服务器操作是基础。一般来说通过终端（terminal）来实现，Windows下有很多软件可以参考，比如：

  • Winscp + Putty
  • MobaXterm

当然还有其他的软件，大师兄平时很少用Windows，推荐的就这两个。尤其是MobaXterm。 对于Ubuntu和Mac，则可以直接打开Terminal进行连接。

2) 初步学习使用基本的linux命令:

  • 进入目录 : cd

  • 移动文件(夹): mv

  • 复制文件: cp
  • 复制文件夹用: cp -r ; 注意 cp 和 -r 之间有个或者N个空格
  • 创建文件夹:mkdir
  • 删除文件: rm ;
  • 删除文件夹: rm -r
  • 强制删除文件夹: rm -fr 或者 rm -rf (f 和 r 的顺序可以颠倒 )
  • 显示目录下文件: ls 等命令;
  • 这里大师兄就不再啰嗦了，后面教程里会介绍一些命令的使用，老司机们自动略过，新手自行百度：linux 命令，你会得到铺天盖地的信息。

3) 手上有可以正常运行的VASP程序

  • 组里面已经安装好vasp程序，或者使用超算中心的VASP程序，只要手上有可以正常运行的VASP即可。因为我们在本书里，不讨论：

    • 去哪里下载VASP? 怎么安装VASP? 去哪里下载VASP的pseudo potentials?
    • 前面的问题可以在QQ群里面讨论，也可以付费求助别人解决。
    • 对于VASP的pseudo potentials，也就是POTCAR。
      • 你老板买了VASP的版权，就直接问他要。
      • 用的盗版VASP，找其他人要一份，但是发文章的时候会很麻烦。国内很多人都是找有版权的老师挂名，其实这是非常学术不道德的事情。一方面涉及到版权，一方面涉及到瞎几把挂名。
      • 免费的可以用QE，CP2K，GPAW等开源的软件，没必要非得在VASP上面死磕。

  • 知道怎么提交VASP任务？

    • 自己组里都有提交任务的脚本，如果没有的话只能自行动手解决咯，可以
      • 找组里的师兄师姐帮忙;
      • 第一个啃螃蟹的人，找老师解决，求助服务器商，求助超算管理员；

程序语言学习

建议大家学习两个语言: bash 和 python。主要是为了辅助计算，节省时间，并拓展自己的思维方式。现在机器学习，人工智能越来越热，学会使用Python或者其他语言，或许可以上升到以后能否生存的高度了。

  • bash语言：日常terminal里面常用的基本命令，比如cd，ls这些，以及结合基本的逻辑语法，可以让你写出一些简单的小脚本。极大提高自己的工作效率；极大的意思就是别人一天或者N天的活，你可能几秒就完事。
  • Python 语言：python是一款语法简单，很容易上手的程序，有着丰富的数据库支持，目前深受科研人员的喜爱。注意，这里我们不讨论类似：python是一门高级语言，运行的时候跟机器交互性差，需要时间比C++长这样的问题。因为这是专业程序员的事。不出意外，看这本书的大部分人，能够用python写个小脚本，方便地处理自己的任务和数据，就已经非常棒了，快和慢，对于我们来说，顶死了也就几秒的问题，完全可以接受。
  • 学习程序语言，一方面可以极大地提高自己的工作效率，另一方面也可以改变自己看待事物的思维方式。
  • 如果不喜欢Python，当然也可以学习其他的程序语言，C++，R，Java等。

总结

1）学习VASP前，先保证自己能顺利连接到服务器，然后运行VASP。这个大师兄没法帮忙，可以求助自己课题组中的师兄师姐，老板，或者群里咨询。

2）新手有大把的时间，建议系统性学习bash，python语言。Python可以换成其他你自己感兴趣的。